Ο Γιάννης Βλαχογιάννης, ο ιστοριοδίφης που επιμελήθηκε τα απομνημονεύματα του Μακρυγιάννη, υποστηρίζει ότι τον Καραΐσκάκη τον πυροβόλησαν πληρωμένοι μπράβοι του Μαυροκορδάτου. Την ίδια θεωρία φαίνεται να ασπάζεται και ο Δημήτρης Φωτιάδης, ο οποίος όμως εκτός από τον Μαυροκορδάτο βλέπει σαν ηθικούς αυτουργούς τους δύο Βρετανούς αξιωματικούς.
Γράφει χαρακτηριστικά στο βιβλίο του με τίτλο «Καραϊσκάκης»:
«Ο Κόχραν κι ο Τσωρτς, μέσα στις λίγες ημέρες που βρίσκονταν στον Πειραιά, κατάλαβαν πως ένας είχε τη δύναμη να αντιταχθεί στα σχέδιά τους, ο Καραϊσκάκης. Η εντολή που είχανε πάρει ήταν να πνιγεί η επανάσταση στη Στερεά, για να μπορέσει η Αγγλία να πετύχει το διπλωματικό της παιχνίδι, τον περιορισμό δηλαδή του απελευθερωτικού κινήματος του Μοριά, για να ‘χει το μικρό, αδύναμο και μισοανεξάρτητο ναυτικό κράτος που θα δημιουργούνταν κάτω από τον έλεγχό της. (…)
Ο Καραϊσκάκης έπεσε θύμα της εγγλέζικης πολιτικής στην Ελλάδα και εμπνευστές της σατανικιάς δολοφονίας του στάθηκαν ο Κόχραν, ο Τσωρτς κι ο Μαυροκορδάτος». Σύμφωνα μάλιστα με τον αγωνιστή Νικόλαο Κασομούλη, ο ίδιος ο Καραϊσκάκης, λίγες ώρες πριν πεθάνει, άφησε να εννοηθεί ότι γνωρίζει τους δράστες. Δίνοντας μάλιστα ένα από τα γνωστά ρεσιτάλ βωμολοχίας, είπε στους συναγωνιστές του: « Γνωρίζω τον αίτιον, και αν ζήσω παίρνομεν όλοι το χάκι (εκδίκηση), ειδέ και πεθάνω, ας μου κλάσει τον π…….. και αυτός».
Η περιγραφή της δολοφονίας (Κείμενο του λόγιου Δημήτρη Φωτιάδη)
«Ο Καραϊσκάκης βρισκόταν στο κέντρο της καβαλαρίας μας, περιτριγυρισμένος ολούθε από δικούς μας. Και να, τρώει ένα βόλι στο βουβώνα από τα πλάγια κι ομπρός, από τ’ αριστερά προς τα δεξιά κι από πάνω προς τα κάτω. Πέφτει από τ’ άλογο. Τρέχουν οι καβαλάρηδες μας να τον συντρέξουν. – Δεν είναι τίποτα! Τους φωνάζει και μ’ όση δύναμη τ’ απόμενε ξανακαβαλικεύει. Πισωδρομούνε σιγά και μ’ όλη την τάξη. Μα, σαν έφτασαν εκεί όπου έπειτα στήσανε το μνημείο του, πίσω από το σημερινό σταθμό του ηλεκτρικού σιδεροδρόμου στο Νέο Φάληρο, δεν μπορεί πια να κρατηθεί πάνω από το άλογο και ξεπεζεύει. Του λένε να τον πάνε σηκωτό, μ’ αυτός αρνιέται. Δε θέλει να τρομάξει το ασκέρι πως είναι του θανατά.